Сюжет игры разворачивается в вымышленном королевстве Миртана, в котором правит король Робар II. После ряда военных побед королевские войска столкнулись с орками и начали терпеть одно поражение за другим. Единственным средством сдержать более сильного и многочисленного противника стало оружие и доспехи из магической руды, которая добывалась в нескольких местах королевства. Одним из таких мест являлся остров Хоринис (нем. Khorinis) с одноимённым городом-портом, в глубине которого находилась Долина Рудников. Чтобы увеличить добычу руды в этом месте, Робар II приказал ссылать туда преступников на каторжный труд в шахтах вне зависимости от тяжести поступка.

Чтобы исключить возможность побега, король приказал возвести над шахтами магический барьер, пропускающий живых существ только внутрь и умерщвляющий их при попытке выхода обратно (во второй части серии объясняется, что этот повод для создания барьера был подсказан королю магами Огня с целью ограничения доступа сил зла к руде). Для этого были собраны лучшие маги королевства, во главе с одним из самых могущественных чародеев, Ксардасом. Однако что-то пошло не так, и Барьер разросся до невиданных размеров, поглотив всю Долину рудников и ряд форпостов орков. Маги — создатели Барьера тоже оказались в плену своего изобретения.

Королевские солдаты в замке, служившем административным центром колонии, без помощи извне были перебиты заключёнными, которые завладели огромной землёй, богатой ресурсами. Во главе местного самоуправления встал бывший криминальный авторитет Гомез вместе с группой беспрекословно преданных ему людей. Однако королевству была нужна магическая руда, а заключённые нуждались в пище, инструментах и оружии, поэтому король заключил договор с Гомезом — в обмен на них (а также предметы роскоши и женщин для Гомеза и его присных) заключенные поставляли королю руду. В один день протагониста обрекают на вечную ссылку за Барьер, однако перед ней Верховный маг Огня Пирокар просит его доставить письмо своим коллегам, оставшимся за Барьером. Главный герой соглашается. Солдаты выталкивают его за Барьер, где практически сразу же его избивают стражники Гомеза, а от дальнейших побоев и возможной смерти его спасает Диего, глава нижних чинов охраны Старого Лагеря (так стало называться мини-государство Гомеза).

Действие Второй Готики начинается через две недели после событий первой части.

Основное сюжетное действие разворачивается на острове Хоринис, расположенном недалеко от морского берега королевства Миртана. Главное поселение острова — одноимённый портовый город, которым временно руководит глава паладинов — лорд Хаген. Остров Хоринис известен, прежде всего, своей Рудниковой Долиной — Миненталь. На протяжении многих лет над всей долиной простирался магический барьер и всех заключённых королевства Миртаны отправляли туда. Так долина стала исправительной колонией для многих приговорённых.

Кроме того, на острове есть несколько небольших крестьянских усадеб, которые обрабатывают почву для выращивания злаков и овощей, а также разводят домашний скот. На протяжении многих поколений самый большой двор принадлежит помещику Онару, который сдаёт в аренду другим крестьянам близлежащие земли.

Где-то в центре острова стоит старый монастырь служителей Инноса, которым управляют Маги Огня. Там они проводят магические и алхимические исследования и изготавливают вкуснейшее вино.

А где-то в неизведанных морских водах есть мрачный остров Ирдорат - пристанище Зла…

После того как Спящий был повержен и магический барьер пал, протагонист был погребен под завалом из каменных глыб и выжил лишь благодаря доспехам из магической руды.

Некромант Ксардас спас Главного Героя, пролежавшего под обломками Храма Спящего три недели. Из разговора с Ксардасом Главный Герой узнает, что Спящий своим предсмертным криком разбудил армии тьмы из царства Белиара: драконов, демонов, орков и прочую нечисть. Для победы над врагом нужно добыть некий древний артефакт — Глаз Инноса, который находится у Ордена паладинов. Для этого нужно попасть в город Хоринис и поговорить с лордом Хагеном. Одна из самых больших проблем — это потеря всех драгоценных навыков и умений, которые приобрёл герой во время своих предыдущих странствий.

Площадь игрового мира возросла примерно на 30 % за счёт обширной новой области — Яркендара. На севере Яркендара расположен каньон, исследуемый орками и заселенный опасными тварями. К западу от каньона раскинулся берег моря, где поселились пираты, нашедшие прибежище в этом отдаленном уголке королевства. На востоке раскинулись тёмные пещеры и таинственные болота. Здесь, среди топей, кишащих болотными монстрами, устроили своё логово бандиты. А на юге Яркендара покоятся руины древней цивилизации — кладезь древней мудрости и артефактов небывалой силы.

Сюжетная линия Готики 3 стартует в том месте, где завершилась Готика 2.

Главный Герой, вместе с несколькими друзьями, приобретёнными во время первых двух игр, приплывает к побережью материка Мидленд (Midland) королевства Миртана.

Весь материк делится на три огромные территории:

Нордмар(Nordmar) — суровый северный регион со снежными вершинами;

Варант(Varant) — жаркий южный регион с бесконечными песчаными холмами;

Миртана(Myrtana) — цветущий центральный регион с густыми лесами, шумными водопадами и реками.

После длительной борьбы Миртана, королевство людей, проиграла войну против вторгшихся на их земли орков.

Орки держат под своим контролем все мало-мальски значительные города и дороги.

Вот только столицу Миртаны, Венгард (Vengard), они захватить не смогли. Маги круга огня укрыли город огромным магическим барьером, наподобие того, который был в колонии. Только этот ещё и никого не впускает внутрь. Большая часть захваченных людей были превращены в рабов. Те, кто пытался сопротивляться, были казнены.

Между тем, по всему королевству то там, то здесь вспыхивают восстания против захватчиков. В приграничных областях небольшие боевые кланы продолжают сопротивляться тирании орков. Между повстанцами нет никакого единогласия, а их лидеры враждуют между собой, претендуя на трон.

Главный Герой с группой своих друзей, едва высадившись на материк, сразу попадает в переделку. В первой же деревушке под названием Ардея, на их глазах, отряд орков расправляется с местным населением. Времени на раздумья нет вовсе, нужно действовать!

Действие происходит через два года после событий предыдущей части. Из трёх возможных концовок «Готики 3» разработчики выбрали ту, в которой безымянный герой уходит с Ксардасом в неизвестные земли. Людям удалось провести революцию и отобрать у орков большую часть королевства Миртаны. Под контролем орков остались Трелис, Монтера и Кап Дун. Их возглавил Торус, бывший во времена правления орков управляющим внешними областями Трелиса. В то же время Готу и Фаринг возглавил Горн. Чувствуя нарастающую мощь орков, Горн принял решение атаковать войска Торуса. Между орками и людьми снова началась война. Четыре оставшихся города Миртаны отошли от конфликта. Гельдерн и Сильден стали управляться Иногом и Аногом, бывшими повстанцами, пытавшимися провести революцию в Сильдене. Венгард и Ардея отошли к имперским войскам во главе с Ли, бывшим главой Нового лагеря в Долине Рудников в Хоринисе.

Находясь в другом измерении, безымянный герой и Ксардас спорили о судьбе Миртаны так как Ксардас надеялся, что с исчезновением божественной силы война прекратится. Безымянный герой решил вернуться и своими силами объединить Миртану. Ксардас встал у него на пути и они сошлись в поединке. Безымянный герой вышел из неё победителям, вернувшись обратно в Миртану...

Бывший герой Готики 3 уже стал королем Миртаны. Робар III хочет восстановить империю и отправляет воинов, что бы вернуть контроль над отколовшимися кусками империи – в том числе и над островами Фешир и Аргаан. Ваша личная история начинается по-другому, потому что на этот раз вы не страдаете от потери памяти, а начинаете игру в роли пастуха на острове Фешир. Там начинается история любви с девушкой Айви. В трёх квестах вы будете должны проявить себя перед тестем. После того как вы покорили невесту, она захочет испытать вас еще раз, но на горизонте появится корабль, загруженный солдатами…